نظرات ملاّ صدرا در خصوص زمان دو تفاوت عمده با نظرات پيشينيان وي دارد.نخست اين كه: وي حركت و زمان را از عوارض خارجي اشياء نميداند، يعني براي آنها وجودي منحاز و مستقل از موضوعشان نميتوان در نظر گرفت كه اين وجود بر وجود موضوع عارض شده باشد. بلكه حركت و زمان از عوارض تحليلي اشياء هستند، تنها در ذهن و به واسطه تحليل ذهني ميتوان عارض و معروض را از يكديگر منفك كرد. در عالم خارج يك وجود بيشتر نيست، و زمان و مكان و مسافت به يك وجود موجودند.31
ديگر آن كه: مرحوم آخوند حركت را منحصر در مقولات چهارگانه نميداند، بلكه به حركت در جوهر نيز قائل است، و آن را اصليترين صورت حركت ميداند. از مهمترين براهيني كه آخوند ملاّصدرا بر حركت جوهري آورده است، برهان از طريق زمان است. روح اين برهان از اين قرار است كه: ذات اشياء زمانمندند، زيرا اگر اين گونه نبود، نميتوانستيم آنها را با زمان بسنجيم و براي آنها عمري قائل شويم. چنانچه اگر اشياء داراي طول و يا وزن نباشند نميتوان آنها را با مقياسهاي طول و وزن اندازهگيري كرد. از طرف ديگر زمان چيزي غير از مقدار حركت نيست، بنابراين لازم است ذات و جوهر اشياء نيز متحرّك باشند.32
به اين ترتيب وي زمان را بعدي از ابعاد مادّي ميداند. وجود هر موجود جسماني بر روي زمان خوابيده است. به عبارت ديگر، زمان نيز مانند امتدادهاي سهگانه يكي از امتدادهاي جسم را تشكيل ميدهد. امّا اين امتداد چهارم بر خلاف امتدادهاي پيشين گذرا و تدريجي خواهد بود.
عالم در هر دم نو ميشود، و ما مقطعي نو از موجودات را مشاهده ميكنيم. اين موجود حاضر نه موجود دمي پيش است، و نه موجود لحظه بعد، و در عين حال هر سه آنها يك موجود بيش نيستند؛ هر يك از آنها قطعهاي از يك موجود متّصل بي قرار و تدريجي هستند كه وجود هر كدام در گرو عدم باقي آنها است.
پس هستي موجودات جسماني، هستياي آميخته با نيستي است و وجود و عدم آنها همواره دست در گريبان همند؛ و خالق هستي در اين ميان همواره در خلق مدام.
جهان متحرّك و سيّال و پرشتاب و گذرندهاي كه آخوند ملاّصدرا تصوير ميكند، نشاط و بيقراري غريبي در مشاهده گر برميانگيزد كه يادآور وجد و سماع صوفيان اهل عرفان است.
مرحوم آخوند براي هر حركتي زمان مخصوص به خود آن حركت را قائل است و زمان معيار را زمان حركت جوهري فلك اطلس ميداند. گرچه اين نظر صريحاً توسط وي بيان نشده است، ولي از برآيند آثار وي قابل استنباط است.33
